Na de plotselinge dood van de onderwijzer en natuurkenner Eli Heimans op 22 juli 1914 werd besloten de herinnering aan hem levend te houden en zijn werk voort te zetten. Het idee was om geld bijeen te brengen voor een museum voor natuurlijke historie. Door het uitbreken van de Eerste Wereldoorlog duurde het tot 1916 voordat de Heimans Stichting werd opgericht en door de daaropvolgende crisisjaren slaagde de stichting er niet in het plan te realiseren. Wel werd een diorama ingericht in het Aquariumgebouw van Artis, het nog steeds bestaande Heimansdiorama.
Na de dood van Jac. P. Thijsse, tijdens de hongerwinter, op 8 januari 1945, werd een Comité Eerbetoon Jac. P. Thijsse gevormd. Besloten werd tot oprichting van een Dr. Jac. P. Thijse Fonds. Aanvankelijk werd gedacht aan het verwerven van een natuurmonument dat zijn naam droeg, maar na enkele jaren werd besloten het bijeengebrachte geld te gebruiken voor de uitreiking van een periodieke Heimans en Thijsse prijs. De eerste keer gebeurde dat in 1955. In 1960 werd het Dr. Jac.P. Thijsse Fonds officieel geregistreerd als stichting. Nauwe samenwerking tussen de Heimans Stichting en de Stichting Dr. Jac. P. Thijsse Fonds leidde in 1981 tot een fusie die de naam kreeg Stichting Heimans en Thijsse Fonds.
Ondertussen was een andere stichting ontstaan die de namen van Heimans en Thijsse droeg. In 1965, het honderdste geboortejaar van Jac. Thijsse, was Jaap Zwier begonnen met het verzamelen van documentatie van en over Jac. P. Thijsse en Eli Heimans. Deze collectie breidde zich al snel uit. Op initiatief van Jan Nijkamp werd in 1977 de Stichting Heimans en Thijsse Bibliotheek en Archief opgericht, met als doel de geschiedenis van de natuurbescherming te documenteren en toegankelijk te maken voor onderzoek. Al snel werd duidelijk dat het daarbij ging om natuurbescherming in brede zin, dus inclusief natuureducatie, natuurstudie en natuurbeleving.
Het bestaan van beide naar Heimans en Thijsse vernoemde stichtingen leidde op den duur tot verwarring. Opnieuw werden fusiebesprekingen gevoerd. Daarmee was de weg vrij voor de oprichting, in 1993, van de huidige Heimans en Thijsse Stichting. In dat jaar verscheen de eerste Heimans en Thijsse Nieuwsbrief.